O Núcleo de Projetos exerce a coordenação em projetos estratégicos, articulando a atuação das diversas secretarias envolvidas com as temáticas de cada projeto. Coordena ainda, os estudos e pesquisas necessárias a novos projetos, assim como, projetos em rede ou através de cooperação técnica.

O Núcleo tem atuação nas áreas de Cidades Inteligentes, Transporte e Infraestrutura, Educação e Meio Ambiente e Estudos e Financiamentos para novos projetos integrados. Esse leque de áreas de atuação pode variar e ser expandido à medida que surjam novas possibilidades identificadas tanto pelo Núcleo de Convênios e Captação de Recursos, quanto pelo Núcleo de Relações Internacionais e Institucionais ou conforme a orientação da alta direção da Prefeitura nesse caminho.